لويجي ريكياردي 1 روزا ماتزيو 2,* © ، أنجيلو رعffايلي ماركوتريجينو 1 , غولييلمو رينالدي 3 ، باولو يوفينو 4 ، فيتو زونو 1 ، ستيفانو بافان 1 © وكونسيتا لوتي 2,*
- 1 قسم علوم التربة والنبات والأغذية وعلم الوراثة النباتية ووحدة التربية بجامعة باري ، عبر Amendola 165 / A ، 70125 Bari ، إيطاليا ؛ luigi.ricciardi@uniba.it (LR) ؛angelo.marcotrigiano@uniba.it (ذراع)؛ vito.zonno@uniba.it (VZ) ؛ stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 قسم علوم الزراعة والغذاء والبيئة ، جامعة فوجيا ، عبر نابولي 25 ، 71122 فوجيا ، إيطاليا
- 3 قسم العلوم البيولوجية والتقنيات الحيوية والمستحضرات الصيدلانية الحيوية ، جامعة باري ، طريق أورابونا 4 ، 70125 باري ، إيطاليا ؛ guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 قسم تقنيات الطاقة والطاقة الحيوية والمصفاة الحيوية وقسم الكيمياء الخضراء ، مركز أبحاث ENEA Trisaia ، SS 106 Ionica ، km 419 + 500 ، 75026 Rotondella (MT) ، إيطاليا ؛ paolo.iovieno@enea.it
* المراسلات: rosa.mazzeo@unifg.it (RM) ؛ concetta.lotti@unifg.it (CL)
المستخلص:
بصل (أليوم سيبا L.) هو ثاني أهم محصول نباتي في العالم ويحظى بتقدير كبير لفوائده الصحية. على الرغم من أهميته الاقتصادية الكبيرة وقيمته كغذاء وظيفي ، فقد تم التحقيق بشكل سيئ في البصل فيما يتعلق بتنوعه الوراثي. هنا ، قمنا بمسح التباين الجيني في "البصل الأحمر Acquaviva" (ARO) ، وهي أرض لها تاريخ زراعي عمره قرن من الزمان في بلدة صغيرة في مقاطعة باري (بوليا ، جنوب إيطاليا). تم استخدام مجموعة من 11 واسمًا للأقمار الصناعية الصغيرة لاستكشاف التباين الجيني في مجموعة البلازما الجرثومية التي تتكون من 13 مجموعة ARO وثلاثة أنواع تجارية شائعة. أبرزت تحليلات التركيب الجيني باستخدام الطرق البارامترية وغير البارامترية أن ARO يمثل تجمعًا جينيًا محددًا جيدًا ، ومتميزًا بوضوح عن السلالات الأصلية Tropea و Montoro التي غالبًا ما يخطئ فيها. من أجل تقديم وصف للمصابيح ، التي تُستخدم عادةً للاستهلاك الطازج ، تم تقييم المحتوى الصلب القابل للذوبان والحدة ، مما يُظهر حلاوة أعلى في ARO فيما يتعلق بالسلولين الأصليين المذكورين أعلاه. بشكل عام ، تعد الدراسة الحالية مفيدة للتثمين المستقبلي لـ ARO ، والذي يمكن تعزيزه من خلال علامات الجودة التي يمكن أن تسهم في الحد من عمليات الاحتيال التجاري وتحسين دخل أصحاب الحيازات الصغيرة.
المُقدّمة
يشمل جنس Allium حوالي 750 نوعًا [1] ، من بينها البصل (Allium cepa L. ، 2n = 2x = 16) هو واحد من أكثر الأنواع انتشارًا. A. cepa لديها دورة كل سنتين وتتجاوز السلوك الإنجابي. في الوقت الحاضر ، يجعل إنتاج البصل العالمي (97.9 مليون طن) ثاني أهم محصول نباتي بعد الطماطم [2]. منذ العصور القديمة ، تم استخدام بصيلات البصل كغذاء وفي التطبيقات الطبية الشعبية. في الواقع ، أبلغ المصريون القدماء عن العديد من الصيغ العلاجية القائمة على استخدام الثوم والبصل في بردية طبية من 1550 قبل الميلاد ، وهي مخطوطة إيبرس [3].
يتم استهلاك هذه الخضار متعددة الاستخدامات والصحية نيئة أو طازجة أو كمنتج معالج ، وتستخدم لتحسين مذاق العديد من الأطباق. تزعم العديد من الدراسات الحديثة أن استهلاك البصل قد يقلل من مخاطر الإصابة بأمراض القلب والأوعية الدموية [4,5،6] والسمنة [7] ومرض السكري [8] وأنواع مختلفة من السرطان [10-XNUMX]. غالبًا ما تُعزى الخصائص الصحية للبصل إلى مستويات عالية من فئتين من المركبات الغذائية: مركبات الفلافونويد و alk (en) yl cysteine sulphoxides (ACSOs). تشمل الفئة الأولى مركبات الفلافونول والأنثوسيانين. الكيرسيتين هو الفلافونول الرئيسي الذي يمكن اكتشافه ، والمعروف بخصائصه القوية المضادة للأكسدة والمضادة للالتهابات في إزالة الجذور الحرة وربط أيونات المعادن الانتقالية [11]؛ بينما يمنح الأنثوسيانين اللون الأحمر / الأرجواني لبعض أصناف البصل. بالنسبة إلى ACSO ، فإن الأكثر وفرة هو isoalliin [(+) - trans-S-1-propenyl-L-cysteine sulfoxide] [12]، حمض أميني كبريت غير متطاير وغير بروتيني المنشأ مخزن في الخلايا ، وهو مسؤول بشكل غير مباشر عن الرائحة النفاذة وطعم البصل [13]. عند حدوث اضطراب في الأنسجة ، يتم شق isoalliin بواسطة إنزيم alliinase لإنتاج سلسلة من المركبات المتطايرة (البيروفات والأمونيا وثيوسلفونات وأكسيد بروبانثييل S) التي تحفز التمزق وتسبب رائحة كريهة (نفاذة) [14]. غالبًا ما تقاس نفاذة البصل بالكمية ، لكل جرام من الوزن الطازج ، من حمض البيروفيك الناتج عن التحلل المائي [15، 16].
في بلدان حوض البحر الأبيض المتوسط ، تم اقتراحه كأحد مراكز التنوع الثانوية في أ. cepa [17، 18]، تُظهر بصيلات البصل تنوعًا واسعًا في الشكل والحجم واللون والمادة الجافة والنفاذة [19-22]. علاوة على ذلك ، يمكن أن يؤثر التسميد بالكبريت ، والممارسات الزراعية ، ونوع التربة ، والظروف المناخية ، والنمط الوراثي للأصناف أو السلالات الأصلية على جودة البصيلة من خلال منح قيم حسية وغذائية مميزة [23-27]. في إيطاليا ، على الرغم من توافر الأصول الوراثية للبصل على نطاق واسع ، لا يخضع سوى عدد قليل من أصناف البصل للدراسات العلمية والتوصيف المناسب [28، 29].
يعد التوصيف الجيني والنمط الظاهري الشامل للتنوع البيولوجي الزراعي أمرًا بالغ الأهمية لضمان الحفظ المناسب للموارد الوراثية النباتية وتعزيز استخدام أنماط وراثية معينة في سلسلة القيمة [30-32]. غالبًا ما يتم اختيار علامات تكرار التسلسل البسيط (SSR) لرسم الخرائط [33-35]وبصمات الحمض النووي والتمييز بين الأصناف [36-38]، وتقدير موثوق للتنوع الجيني داخل وبين السلالات الأصلية [39-42]، نظرًا لأنها خاصة بالموقع ، ومتعددة الأليلات ، وموروثة بشكل ترميزي ، وقابلة للتكاثر بشكل كبير ، ومناسبة للتنميط الجيني الآلي.
في هذه الدراسة ، ركزنا اهتمامنا على سلالة بوليانية تقليدية ، "البصل الأحمر Acquaviva" (ARO) ، الذي يُزرع وفقًا لأساليب الزراعة العضوية في منطقة صغيرة من مدينة Acquaviva delle Fonti ، في مقاطعة باري. (بوليا ، جنوب إيطاليا). المصابيح من هذه الأرض كبيرة ومسطحة وذات لون أحمر وتستخدم إلى حد كبير في الوصفات المحلية. على الرغم من حصول ARO على علامة الجودة "Slow Food Presidium" ، إلا أنه يمكن تعزيز إنتاجه وحمايته من خلال علامات الجودة في الاتحاد الأوروبي مثل المؤشرات الجغرافية المحمية (PGI) وتعيين المنشأ المحمي (POD) ، حيث قد يساهم ذلك في الحد من الاحتيال التجاري وتحسين دخل أصحاب الحيازات الصغيرة. هنا ، تم استخدام الواسمات الجزيئية SSR كأدوات قوية لتقييم الاختلاف الجيني بين مجموعات ARO ولتمييز هذه السلالة من سلالتين أصليين من البصل الأحمر الإيطالي الجنوبي. علاوة على ذلك ، قمنا بتقدير المحتوى اللاذع والصلب القابل للذوبان من أجل تقييم نكهة ARO فيما يتعلق بطلب السوق.
النتائج
إنشاء مجموعة الأصول الوراثية للبصل الأحمر Acquaviva والتوصيف المورفولوجي
تم استخدام بذور 13 عشيرة من أراضي ARO ، التي تبرع بها المزارعون في إطار مشروع BiodiverSO Apulia ، لإنشاء مجموعة الأصول الوراثية ARO.
تم جمع الواصفات المورفولوجية المتعلقة بالبصل والجلد واللحم على الأصول الوراثية ARO وعلى ثلاثة سلالات من البصل ، اثنان ينتميان إلى "بصل تروبيا الأحمر" (TRO) وواحد إلى "بصل مونتورو النحاسي" (MCO) (الشكل 1). كانت جميع بصيلات ARO مسطحة وتميزت بجلد خارجي ولحم أحمر مع درجات مختلفة من اللون الأحمر. في المقابل ، كان لحم بصيلات TRO أحمر بالكامل ، بينما كان لحم بصيلات MCO مصطبغًا بشكل سيئ (الجدول S1). سمح التحليل البيوكيميائي بتقييم المحتوى الصلب القابل للذوبان والحدة. كما ورد في الجدول 1, كانت القيم المتوسطة للمحتوى الصلب القابل للذوبان في البصيلات في تجمعات ARO 7.60 ، وتراوحت من 6.00 (ARO12) إلى 9.50 ° Brix (ARO11 و ARO13). كانت هذه القيمة أعلى من القيمة المقدرة لسلالات TRO و MCO (4.25 و 6.00 درجة بريكس ، على التوالي).
الجدول 1. تم تقييم المحتوى الصلب القابل للذوبان وقيم الحموضة في فئات "Acquaviva Red Onion" (ARO) و "Tropea Red Onion" (TRO) و "Montoro Copper Onion" (MCO) *.
CODE | محتوى صلب قابل للذوبان (بريكس) | لاذعة (pمولغ-1 مهاجم) | ||
تعني | CV y (٪) | تعني | CV y (٪) | |
ARO1 | 6.25 د * | 5.65 | 5.84 أب * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 لل | 22.98 |
ARO3 | شنومك بسد | 9.42 | 5.28/XNUMX/XNUMX من | 22.88 |
ARO4 | شنومك بسد | 0.00 | 6.97 لل | 3.74 |
ARO 5 | شنومك بسد | 0.00 | 6.80 لل | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51/XNUMX/XNUMX من | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25/XNUMX/XNUMX من | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 لل | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 لل | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94/XNUMX/XNUMX من | 6.57 |
ARO11 | 9.50 و | 7.44 | 5.54/XNUMX/XNUMX من | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91/XNUMX/XNUMX من | 9.70 |
ARO13 | 9.50 و | 7.44 | 6.63 لل | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18/XNUMX/XNUMX من | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 ب | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28/XNUMX/XNUMX من | 4.79 |
* الوسائل التي تحتوي على نفس الأحرف الكبيرة أو الصغيرة لا تختلف إحصائيًا عند 0.01P أو 0.05P ، على التوالي (اختبار SNK). y معامل الاختلاف.
كانت القيمة المتوسطة لنفاذية ARO ، التي تم تقييمها عن طريق محتوى حمض البيروفيك ، 6.00 ، وتراوحت بين 4.51 ميكرومتر جم.-1 FW (ARO6) إلى 7.04 (ARO8). كانت هذه القيمة أعلى من القيمة المقدرة في سلالات TRO و MCO (3.54 pmol g-1 FW و 4.18 pmol g-1 مهاجم ، على التوالي).
تعدد الأشكال SSR والعلاقات الجينية بين المدخلات
في هذه الدراسة ، قدمت 11 من أصل 37 توليفة تمهيدي لـ SSR تعدد الأشكال في موضع واحد ، أي إنتاج منتجين تضخيمين على الأكثر في فرد واحد. بشكل عام ، تم اكتشاف 55 أليلات في 320 فردًا مع عدد من الأليلات لكل موضع يتراوح من 2 (ACM147 و ACM 504) إلى 11 (ACM132) ومتوسط قيمة 5 أليلات (الجدول) 2). في التجمعات الفردية ، تراوح عدد الأليلات (Na) من 1.94 (ACM147 و ACM504) إلى 5.38 (ACM132) ، بينما تراوح العدد الفعال للأليلات (Ne) من 1.41 (ACM152) إلى 2.82 (ACM449). التناقضات بين قيم Na و Ne كانت بسبب وجود الأليلات ذات التردد المنخفض في السكان وغلبة عدد قليل من الأليلات. تم تسليط الضوء على أعلى قيمة تغاير الزيجوت الملحوظة (Ho) لكل من ACM138 و ACM449 (0.62) ، بينما ارتبطت القيمة الأدنى بـ ACM152 (0.25). تراوحت تغاير الزيجوت المتوقع (He) ، والذي يتوافق مع التوقعات النظرية في مجموعة سكانية شاملة ، من 0.37 (ACM504) إلى 0.61 (ACM132 و ACM138 و ACM449). مؤشر تثبيت رايت (Fis) ، يعرض قيمًا قريبة من الصفر (متوسط 0.05) لجميع العلامات ، مما يشير إلى قيم مماثلة بين مستويات تغاير الزيجوت المرصودة والمتوقعة ، كما هو متوقع بالنسبة للأنواع المتقاطعة. تم تقدير كفاءة محدد SSR الفردي في البصمة الوراثية من خلال مؤشر محتوى المعلومات متعدد الأشكال (PIC) بمتوسط قيمة 0.48 وتراوحت من 0.33 (ACM504) إلى 0.67 (ACM132). مؤشر كفاءة آخر ، مؤشر معلومات شانون (I) عرض قيمة متوسطة 0.84 ، وتراوحت القيم المفترضة من 0.45 (ACM152) إلى 1.20 (ACM132).
الجدول 2. ميزات تعدد الأشكال لـ 11 علامة من علامات SSR المستخدمة لتقدير التنوع الجيني في مجموعات ARO و TRO و MCO. إجمالي عدد الأليلات (Na) ونطاق حجم النطاق ومؤشر محتوى المعلومات متعدد الأشكال (PIC) راجع المجموعة الإجمالية المكونة من 320 فردًا تم تصنيفهم وراثيًا في هذه الدراسة. عدد الأليلات (Na) ، عدد الأليلات الفعالة (ني) ، تغاير الزيجوت المرصود (Ho) ، التغاير الزيجوت المتوقع (He) ، مؤشر التثبيت (Fis) ، ومؤشر شانون للمعلومات (I) يشير إلى القيم المتوسطة المحسوبة من 16 مجموعة ، كل منها يتكون من 20 فردًا.
مكان. | مجموع نا | نطاق الحجم (بي بي) | الموافقة المسبقة عن علم | تعني | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
تعني | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
من بين السكان ، أظهر ARO3 و ARO6 و ARO8 و ARO10 و TRO1 و MCO مستوى عالٍ من التباين الجيني (Ho> 0.5) ، بينما لوحظ أدنى تنوع في السكان ARO7 (Ho = 0.27) (الجدول التكميلي S2). بشكل عام ، تم عرض جميع المدخلات Fis قيم قريبة من الصفر (F.is متوسط القيمة = 0.054) ، كما هو متوقع في ظل ظروف التزاوج العشوائية.
تحليل التباين الجزيئي والتركيب الجيني
تم حساب التقسيم الهرمي للتنوع الجيني بين السكان وداخلهم بواسطة AMOVA. سلطت النتائج الضوء على جزء كبير من التباين الجيني داخل السكان (87٪). كان الاختلاف بين السكان ، 13 ٪ ، شديد الأهمية (P <0.001) (جدول 3). كانت القيم الزوجية لمعلمة Fpt ، وهي مماثلة لمؤشر تثبيت Wright's Fst ، والتي تتراوح من 0.002 (ARO2 / ARO10) إلى 0.468 (ARO7 / TRO2) ، مهمة (P <0.05) ، باستثناء تسع مقارنات زوجية (الجدول التكميلي S3).
الجدول 3. تحليل التباين الجزيئي لـ 320 طرازًا وراثيًا من 16 مجموعة من السكان أليوم سيبا L.
مصدر | df | مجموع المربعات | تقدير التباين | التباين (٪) | Fpt | P |
بين السكان | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
بين السكان | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
الإجمالي | 319 | 2731.62 | 8.66 |
التحقيق في التركيب الجيني في أ. cepa تم إجراء مجموعة التنميط الجيني في هذه الدراسة عن طريق تحليل المجموعات القائم على نموذج المزيج المنفذ في هيكل البرنامج. اقترحت طريقة Evanno AK التقسيم الفرعي في مجموعتين (K = 2) باعتباره الأكثر إفادة بالنسبة لنا بيانات,مع الe التالي أعلى peak في K. = 5 (suplementaiv Rgure ق 1). A فرع = 2، aحصانopulations ثere الحمارigned جداnسf المجموعتان مع معامل rnernbertoip (q)> 0.7. مؤخرةhown في الشكل 2a، تضمنت المجموعة الأولى (المسماة S1) MCO وجميع مجموعات ARO ، في حين جمعت المجموعة S2 مجموعتي TRO. عند K = 5 ، يقدم وصفًا أعمق لمجموعة البيانات (الشكل 2b) ، 75٪ من المدخلات تم تخصيصها لواحدة من المجموعات الخمسة. تم تأكيد الفصل بين ARO (S1) و TRO (S2) ، على الرغم من اختلاط بعض مجموعات ARO (q <0.7) أو تجميعها بشكل منفصل في المجموعتين الجديدتين S3 و S4 (ARO7 و ARO12 ، على التوالي). ومن المثير للاهتمام ، أن النوع التجاري MCO شكل كتلة مميزة (S5) منفصلة عن البصل الأحمر البولياني.
العلاقات الجينية بين السكان
يسمح تعدد الأشكال SSR برسم dendrogram للتنوع الجيني وتظهر نتائج تحليل النشوء والتطور في الشكل 3a. هنا ، تم تقسيم مجموعة الأصول الوراثية إلى خمس مجموعات مدعومة بقوة بقيم التمهيد. تم فصل مجموعات ARO7 و ARO12 على الفور عن المجموعات السكانية المتبقية وشكلت مجموعتين متميزتين. تضمنت المجموعة الثالثة المجموعتين التجاريتين لـ TRO ، بينما قسمت العقدة الرابعة MCO من أحد عشر مجموعة ARO. تم إجراء مزيد من التحقيق في العلاقة الجينية التي تحدث بين السكان عن طريق تحليل الإحداثيات الرئيسي (PCoA) (الشكل 3b). كما تم تسليط الضوء عليه سابقًا ، تم تجميع مجموعات ARO بإحكام ، باستثناء ARO12 و ARO7 ، والتي ظهرت في مواقع معزولة في مؤامرة PCoA. كانت مجموعات TRO و MCO مبعثرة في اللوحة اليمنى السفلية من المؤامرة.
الرقم 3. التنوع الجيني بين 16 أ. cepa تم تمييز السكان في هذه الدراسة ، بناءً على ملف تعريف SSR الخاص بهم. (a) UPGMA dendrogram للمسافة الجينية. تتم الإشارة إلى قيم دعم Bootstrap> 50 فوق العقد المقابلة ؛ (b) تحليل المكون الرئيسي (PCoA). كانت المجموعة محاطة بدائرة باللون الأحمر مطابقة تمامًا للمجموعة الناتجة عن تحليل النشوء والتطور والتي تتكون من 11 مدخلات ARO.
مناقشة
ضمن الكمية الكبيرة من التنوع البيولوجي الزراعي المزروع تقليديًا في جنوب إيطاليا ، تمثل أصناف البصل منتجات متخصصة تحتاج إلى الحفاظ عليها من مخاطر التآكل الوراثي وخطر الاستعاضة عن الأصناف الحديثة. في إطار المشروع الإقليمي BiodiverSO ، الذي يهدف إلى جمع وتوصيف وتعزيز وحماية الموارد الوراثية لمنطقة بوليا المرتبطة ارتباطًا وثيقًا بالتراث المحلي ، أنشأنا مجموعة بذور مكونة من 13 مجموعة من السكان الأصليين لـ ARO. أبلغنا عن أول تقييم لتباين ARO من حيث تعدد أشكال الحمض النووي واثنين من المعلمات البيوكيميائية ، محتويات صلبة قابلة للذوبان وحمض البيروفيك ، تتعلق بسمات النكهة والأهمية لقبول المنتجات الطازجة غير المطبوخة. بالإضافة إلى ذلك ، تمت مقارنة البيانات الخاصة بتسلسل ARO مع تلك التي تم جمعها على سلالتين أصليين آخرين من البصل المصطبغ والتي غالبًا ما تخطئ بها.
سلطت التحليلات البيوكيميائية الضوء على حلاوة 13 مجموعة ARO ، المتعلقة بالمحتوى الصلب القابل للذوبان العالي والنفاذة المتوسطة ، وفقًا لإرشادات صناعة البصل الحلو [31]. كانت لمبات ARO أكثر حلاوة من تلك الموجودة في سلالتي TRO و MCO ، وأظهرت حدة أعلى قليلاً. ومع ذلك ، فإن الحلاوة في البصل ترجع إلى التوازن بين محتوى السكر والحدة ، لذلك قد يكون هذا التوصيف مفيدًا لدعم اختيار الأنماط الجينية ذات القيمة ، والتي يتم إجراؤها عادةً من قبل المزارعين بناءً على التشكل فقط.
تم التأكيد على أن علامات SSR هي أداة مفيدة للتمييز بين الأنماط الجينية ، وإن تم جمعها داخل منطقة نمو ضيقة مثل مدينة Acquaviva delle Fonti. عرضت العلامات المحددة عددًا أكبر من الأليلات من العلامات التي تم الإبلاغ عنها مسبقًا بواسطة [43] و [44]، ولكن أقل من العلامات التي تم الإبلاغ عنها بواسطة [45]. علاوة على ذلك ، أظهرت 50٪ من مجموعة العلامات الخاصة بنا قيم مؤشر PIC أكبر من 0.5 ، مما يثبت أنها مناسبة للتمييز بين المجموعات السكانية في المجموعة ، كما هو مقترح بواسطة [46]. كشف تقييم التنوع داخل السكان عن قيم مماثلة بين Ho و He ، مما أدى إلى انخفاض Fis القيم. هذا يتفق مع طبيعة العبور الخارجية أ. سيبا ، الذي يعاني بشكل خطير من اكتئاب زواج الأقارب [47]. فاي العامs كانت القيمة المحسوبة في تجمعات البصل التي تم النظر فيها في هذه الدراسة (0.054) أقل من تلك التي تم الإبلاغ عنها سابقًا [45] (0.22) ومماثل تقريبًا لتلك التي وجدها [31] (0.08) و [48] (0.00) الذين قيموا التنوع الجيني في سلالات البصل من شمال غرب إسبانيا والنيجر ، على التوالي. تعزز المستويات الجديرة بالملاحظة من تغاير الزيجوت في مجموعات ARO فكرة أن بوليا تمثل مركزًا للتنوع للعديد من الأنواع البستانية [32، 42، 49-51].
أبرزت AMOVA أن معظم التباين الجزيئي في مجموعة التنميط الجيني في هذه الدراسة يكمن في السكان. ومع ذلك ، فإن التمايز الجيني الكبير بين السكان (F.PT القيم) عن حدوث التقسيم الطبقي الجيني. في الواقع ، على الرغم من أن نتائجنا أشارت إلى وجود التوحيد الجيني في معظم مجموعات ARO ، مما أدى إلى تشكيل مجموعة محددة جيدًا ، فقد أظهر سكان ARO7 و ARO12 ملفًا جينيًا واضحًا. يمكن أن تكون هذه النتيجة بسبب أصل البذور المختلفة المستخدمة من قبل اثنين من المزارعين التي تم جمع السكان منها. علاوة على ذلك ، بناءً على النتائج التي تم الحصول عليها ، يمكن اعتبار سلالة ARO مميزة بوضوح على المستوى الجيني من السلالات الأصلية TRO و MCO. في دراسة حديثة ، [29] قام بتقييم التنوع الجيني للعديد من سلالات البصل الإيطالية بما في ذلك "Acquaviva" و "Tropea" و "Montoro". على الرغم من أن المؤلفين استخدموا علامات SNP لتقييم التنوع الجيني لمجموعة أوسع من البصل ، إلا أن التنميط الجيني لم يكن قادرًا على تمييز "Acquaviva" عن بصل "Tropea" و "Montoro". ربما ، يرجع هذا التناقض إلى انخفاض متوسط قيمة الموافقة المسبقة عن علم الموجود (0.292) ، مما يشير إلى معلومات عامة متواضعة للموقع قيد التحليل كما ادعى من قبل [29]. علاوة على ذلك ، من أجل التحقيق في وجود بنية فرعية في مجموعتهم الإيطالية ، كان من الأفضل تحليل الأنماط الجينية الإيطالية بشكل منفصل عن بقية المجموعة. ربما كان سيسمح بتصور نمط التنوع الجيني المرتبط بالتقسيم الطبقي الجغرافي أو السمات تحت الانتقاء التجريبي.
في الختام ، تمثل هذه الدراسة تقريرًا شاملاً عن سلالة البصل المرتبطة بالتراث الثقافي المحلي والأهمية الاقتصادية للمزارعين. تسلط نتائجنا الضوء على أنه ، مع استثناءات قليلة ، يتميز ARO بمجموعة جينية محددة جيدًا ، والتي تستحق الحفاظ عليها من خطر التآكل الجيني. لذلك ، كان إنشاء مجموعة تمثيلية لهذا المصدر القيم للتنوع الجيني أمرًا بالغ الأهمية. أخيرًا ، قد يكون التوصيف الوراثي والنمط الظاهري لـ ARO مفيدًا للحصول على علامات الجودة من الاتحاد الأوروبي.
مواد وطرق
جمع الأصول الوراثية والمواد النباتية واستخراج الحمض النووي
تم الحصول على مجموعة من 13 مجموعة من السكان من ARO في إطار مشروع منطقة بوليا (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/)، من خلال سلسلة من المهمات التي نفذت في "أكوافيفا ديلي فونتي" ، وهي بلدة صغيرة في بوليا في مقاطعة باري ، إيطاليا. تم تعيين مواقع التجميع لكل مُدخل من خلال نظام المعلومات الجغرافية (GIS) وتم الإبلاغ عنها في الجدول 4. بالإضافة إلى ذلك ، تم تضمين مجموعتين من السكان من أراضي TRO وسكان واحد من MCO في الدراسة الحالية واستخدمت كمراجع. تمت زراعة جميع المواد النباتية في نفس الظروف البيئية في المزرعة التجريبية "P Martucci" التابعة لجامعة باري (41 ° 1'22.08 ″ N ، 16 ° 54'25.95 ″ E) ، تحت قفص الحماية لتجنب التلقيح المتبادل بين السكان وضمان التلقيح بين السكان عن طريق الذباب (لوسيليا قيصر). تم تمييز المجموعات السكانية الستة عشر للسمات المتعلقة بحجم البصيلة وشكلها ولون الجلد واللحم (الجدول S16). بالإضافة إلى ذلك ، تم إجراء اختبار المحتوى الصلب القابل للذوبان باستخدام مقياس انكسار محمول باليد وتم قياس الحدة في عينات عصير البصل بإضافة 1،2,4-دينيتروفينيل هيدرازين (0.125٪) v/v في 2N من حمض الهيدروكلوريك) وتقييم الامتصاصية عند 420 نانومتر ، كما ورد في [31]. تم إجراء اختبار Duncan متعدد المدى واختبار SNK لتحديد وجود اختلافات كبيرة.
الجدول 4. قائمة المجموعات السكانية التي تم جمعها وتنميطها وراثيًا في هذه الدراسة. لكل مجتمع ، يتم الإبلاغ عن رمز التعريف والاسم المحلي وتنسيق GPS وبنك الجينات الذي يحافظ على البذور.
رمز | الاسم | احداثيات نظام تحديد الموقع | بنك الجينات y |
ARO1 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | دي سبا |
ARO2 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | دي سبا |
ARO3 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | دي سبا |
ARO4 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | دي سبا |
ARO5 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | دي سبا |
ARO6 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | دي سبا |
ARO7 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | دي سبا |
ARO8 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | دي سبا |
ARO9 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°54'51.372 ″ شمال 16°49'3.504" E | دي سبا |
ARO10 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | دي سبا |
ARO11 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°52'49.8 ″ شمال 16°49'48.575" E | دي سبا |
ARO12 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | دي سبا |
ARO13 | سيبولا روسا دي أكوافيفا | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | دي سبا |
TRO1 | سيبولا روسا لونجا دي تروبيا | - | دي سبا |
TRO2 | سيبولا روسا توندا دي تروبيا | - | دي سبا |
MCO | سيبولا راماتا دي مونتورو | - | دي سبا |
y Di.SSPA ، قسم علوم التربة والنباتات والأغذية ، جامعة باري. |
تم أخذ عينات من مادة الأوراق المكونة من 20 نمطًا وراثيًا لكل مجموعة وتخزينها عند -80 درجة مئوية حتى الاستخدام. بالنسبة للأنواع الغنية بالسكريات ، مثل أ. سيبا ، الخطوات الأولى لإزالة السكاريد ضرورية للحصول على DNA عالي الجودة ، لذلك تم إجراء عمليات الغسل الأولية في المخزن المؤقت STE (0.25 M سكروز ، 0.03 M Tris ، 0.05 M EDTA) كما هو موصوف بواسطة [52]. تم استخراج مجموع الحمض النووي باتباع طريقة CTAB [53] وأخيراً تم فحصه من حيث الجودة والتركيز بواسطة مقياس الطيف الضوئي بالأشعة فوق البنفسجية Nano Drop 2000 UV-vis (ThermoScientific ، Waltham ، MA ، الولايات المتحدة الأمريكية) و 0.8 ٪ من هلام الاغاروز الكهربائي.
تحليل SSR
16 تركيبات تمهيدي EST-SSR تم تطويرها بواسطة [54] واختبارها سابقًا في دراسات التنوع الجيني بواسطة [43] و [44] و 21 SSR الجينومي [45-55] تم فحصها لتقييم مدى ملاءمتها (الجدول التكميلي S4). تم إجراء التنميط الجيني باستخدام طريقة وضع العلامات الفلورية الاقتصادية حيث تمت إضافة ذيل M13 إلى كل جهاز تمهيدي SSR للأمام [56]. تم تحضير خلائط PCR في تفاعل 20 جم يحتوي على: 50 نانوغرام من الحمض النووي الكلي ، و 0.2 ملي مولار من مزيج dNTP ، و 1X من محلول تفاعل PCR ، و 0.8 وحدة من بوليميريز DNA DreamTaq (Thermo Scientific ، Waltham ، MA ، الولايات المتحدة الأمريكية) ، 0.16 جم من التمهيدي العكسي ، 0.032 جم من التمهيدي الأمامي ممتد مع تسلسل M13 (5′-TGTAAAACGACGCCAGT-3 ′) ، و 0.08 جم من التمهيدي العالمي M13 المسمى بـ FAM أو الأصباغ الفلورية NED (Sigma-Aldrich ، سانت لويس ، MO ، الولايات المتحدة الأمريكية). تم إجراء تفاعلات PCR في جهاز التدوير الحراري SimpliAmp (Applied Biosystems ، CA ، الولايات المتحدة الأمريكية) مع الشروط التالية لمعظم أزواج التمهيدي: 94 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ، 40 دورة عند 94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، 58 درجة مئوية لمدة 45 ثانية و 72 درجة مئوية لمدة 45 ثانية واستطالة نهائية عند 72 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. بالنسبة لـ ACM446 و ACM449 ، تم تطبيق PCR للمس مع التلدين من 60 درجة مئوية إلى 55 درجة مئوية على مدى 10 دورات ، 30 دورة عند 55 درجة مئوية ، تليها تمديد نهائي لمدة 5 دقائق عند 72 درجة مئوية. تم تحميل منتجات PCR في صفيحة 96 بئر وخلطها مع 14 جم من Hi-Di Formamide (Life Technologies ، Carlsbad ، CA ، الولايات المتحدة الأمريكية) و 0.5 جرام GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies ، Carlsbad ، CA ، الولايات المتحدة الأمريكية). تم حل الأمبليكون عن طريق ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies ، Carlsbad ، CA ، الولايات المتحدة الأمريكية) آلة التسلسل الشعري ، حيث تم تسجيل الأليلات على أنها مهيمنة مشتركة وتعيينها باستخدام برنامج GeneMapper الإصدار 3.7.
البرامج GenAlEx 6.5 [57] و Cervus 3.0.7 [58] تم استخدامها لتقدير عدد الأليلات (Na) ، وعدد الأليلات الفعالة (Ne) ، وتغاير الزيجوت الملحوظ (Ho) ، وتباين الزيجوت المتوقع (He) ، ومحتوى المعلومات متعدد الأشكال (PIC) ، ومؤشر معلومات Shannon (I) ، ومؤشر التثبيت (Fis) ) لكل موقع SSR.
تقييم التنوع الجيني
تم تقييم التقسيم الهرمي للتنوع الجيني بين وداخل مجموعات البصل بواسطة GenAlEx 6.5 [57] من خلال تحليل التباين الجزيئي (AMOVA) مع 999 bootstrapping لاختبار الأهمية. علاوة على ذلك ، تم استخدام برنامج GenAlEx 6.5 لتقدير التنوع داخل كل مجموعة من خلال حساب متوسط Ho و He و Fis على جميع مواقع SSR.
تم الاستدلال على البنية السكانية من خلال خوارزمية التجميع المستندة إلى نموذج Bayesian والتي تم تنفيذها في برنامج STRUCTURE v.2.3.4 [59]. تم تشغيل مجموعة البيانات بعدد من المجموعات الافتراضية (K) ، تتراوح من 1 إلى 10 ، مع تحديد عشرة عمليات تشغيل مستقلة لكل قيمة K. لكل عملية تشغيل ، بهدف التحقق من اتساق النتائج ، تم إجراء 100,000 فترة احتراق أولية و 100,000 تكرار Markov Chain Monte Carlo (MCMC) وفقًا لنموذج الخلط وترددات الأليل المستقلة بين السكان. تم تحديد قيمة K على الأرجح بتنفيذ طريقة AK ، الموصوفة بواسطة [60]، في برنامج STRUCTURE HARVESTER المستند إلى الويب [61]. تم تعيين مجموعة سكانية فردية إلى مجموعة معينة عندما كان معامل عضويتها (قيمة q) أعلى من 0.7 ، وإلا فقد تم اعتبارها من أصل مختلط.
تم إجراء تحليل الإحداثيات الرئيسية من أجل تصور أنماط العلاقة الجينية بين المدخلات التي كشفت عنها مصفوفة المسافة الجينية لـ Nei (الجدول التكميلي S5). بناءً على ترددات الأليل ، تم إنشاء مخطط شجاع للمسافة الجينية لتنفيذ طريقة مجموعة الزوج غير الموزونة مع تحليل كتلة المتوسطات الحسابية (UPGMA) في برنامج POPTREEW [62]. تم تطبيق Bootstrapping لتقييم الثقة في التجميع الهرمي ، وتحديد 100 إعادة تشكيل لمجموعة البيانات. أخيرًا ، برنامج MEGA X. [63] تم استخدامه كبرنامج رسم شجرة.
المواد التكميلية: التالية متاحة على الانترنت في http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. الجدول S1: التوصيف المورفولوجي لمصابيح ARO و MCO و TRO. الجدول S2: مؤشرات الزيجوت غير المتجانسة والتثبيت المحسوبة للسلالات الأصلية ARO و TRO و MCO. الجدول S3: القيم الزوجية للمعامل Fpt. الجدول S4: قائمة SSRs المستخدمة في الدراسة. الجدول S5. مصفوفة تعداد السكان الزوجي للمسافة الجينية لني. الشكل S1: الرسم البياني الخطي لقيم K المتغيرة مع Evanno's Delta K.
الكاتب الاشتراكات: صممت CL و LR الدراسة وصمما التجربة ؛ أجرى CL و PI تحليل الواسم الجزيئي ؛ أجرى ARM و VZ التجارب الميدانية ؛ شارك كل من RM و SP و GR و CL في تحليل البيانات ؛ كتب RM و CL المخطوطة. قرأ جميع المؤلفين النسخة المنشورة من المخطوطة ووافقوا عليها.
التمويل: تم تمويل هذا العمل من قبل مشروع بوليان الإقليمي "التنوع البيولوجي لأنواع نباتية بوليا" - Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10— Sottomisura 10.2 ؛ منح CUP H92C15000270002 إيطاليا.
شكر وتقدير: يرجع الشكر إلى "Azienda Agricola Iannone Anna" و "Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva" لتوفير المواد النباتية المستخدمة في التجربة.
تضارب المصالح: الكتاب تعلن أي تضارب في المصالح.
مراجع حسابات
- 1. Stearn، WT كم عدد أنواع Allium المعروفة؟ كيو ماج. 1992, 9، 180-182. [CrossRef]
- 2. قاعدة بيانات FAOSTAT. قاعدة البيانات الإحصائية لمنظمة الأغذية والزراعة. متوفر على الانترنت: http://www.fao.org/2017 (تم الوصول إليه في 8 يناير 2019).
- 3. بلوك إي كيمياء الثوم والبصل. الخيال العلمي. صباحا. 1985, 252، 114-119. [CrossRef]
- 4. لي ، ب. ؛ جونغ ، ج. كيم ، تقييم HS من البصل الأحمر على نشاط مضادات الأكسدة في الفئران. الغذاء تشيم. توكسيكول. 2012, 50، 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee، SM؛ القمر ، ياء ؛ تشونغ ، JH ؛ تشا ، YJ ؛ شين ، إم جي تأثير مستخلصات قشر البصل الغنية بالكيرسيتين على تجلط الشرايين في الفئران. الغذاء تشيم. توكسيكول. 2013, 57، 99-105. [CrossRef] [مجلات]
- 6. Yoshinari، O .؛ شيوجيما ، واي. Igarashi، K. التأثيرات المضادة للسمنة لمستخلص البصل في الفئران الزوكر المصابة بداء السكري. العناصر الغذائية 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash، MSH؛ رحمن ، ك. Chen، S. Spice plant Allium cepa: مكمل غذائي لعلاج داء السكري من النوع 2. ركن المعلومات الغذائية 2014, 30، 1128-1137. [CrossRef] [مجلات]
- 8. وانغ ، واي. تيان ، WX ؛ ما ، XF الآثار المثبطة للبصل (أليوم سيبا L.) عن تكاثر الخلايا السرطانية والخلايا الشحمية عن طريق تثبيط سينسيز الأحماض الدهنية. باك الآسيوية. J. السرطان السابق. 2012,13، 5573-5579. [CrossRef] [مجلات]
- 9. Lai، WW؛ هسو ، SC ؛ تشويه ، ف. تشين ، YY ؛ يانغ ، شبيبة ؛ لين ، جي بي ؛ لين ، جي سي ؛ تساي ، سي إتش ؛ يمنع Chung ، JG Quercetin هجرة وغزو خلايا سرطان الفم البشرية من SAS من خلال تثبيط مسارات إشارات NF-kappaB والمصفوفة metalloproteinase-2 / -9. الدقة المضادة للسرطان. 2013, 33، 1941-1950. [مجلات]
- 10. نيكاسترو ، HL ؛ روس ، سا ؛ Milner، JA Garlic and Onions: خصائصهما الوقائية من السرطان. السرطان. الدقة. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. فورتي ، إل. توريشيلي ، ب. بوانيني ، إي. جازانو ، م. روبيني ، ك. فيني ، م. Bigi ، A. خصائص مضادة للأكسدة وإصلاح العظام من هيدروكسيباتيت الذي يعمل بالكيرسيتين: دراسة استزراع مشترك للخلايا البطانية والعظمية في المختبر. اكتا بيوماتر. 2016, 32، 298-308. [CrossRef]
- 12- يامازاكي ، واي. إيواساكي ، ك. ميكامي ، م. ياغيهاشي ، أ. توزيع أحد عشر سلائف نكهة ، مشتقات S-Alk (en) yl-L-cysteine ، في سبع خضروات من Allium. علوم الغذاء. تكنول. الدقة. 2011, 17، 55-62. [CrossRef]
- 13. Block، E. كيمياء الكبريت العضوي من جنس Allium - الآثار المترتبة على الكيمياء العضوية للكبريت. انجيو. تشيم. كثافة العمليات إد. إنجل. 1992, 31، 1135-1178. [CrossRef]
- 14. غريفيث ، ج. ترومان ، إل. كروثر ، تي. توماس ، ب. سميث ، ب. البصل - فائدة عالمية للصحة. فيتوثر. الدقة. 2002,16، 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer، S .؛ Weston، WJ Enzymatic development of pyruvic acid in on البصل كمقياس لاذع. J. أجريك. الغذاء تشيم. 1961, 9، 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter، CAT؛ راندل ، WM Pungency تقييم في البصل. في دراسات مختبرة للتدريس المخبري. كارشر ، إس جيه ، إد ؛ جمعية تعليم الأحياء المختبرية (ABLE): نيويورك ، نيويورك ، الولايات المتحدة الأمريكية ، 1998 ؛ المجلد 19 ، ص 177 - 196.
- 17. هانلت ، ف التصنيف والتطور والتاريخ. في البصل والمحاصيل ذات الصلة ، المجلد. I. علم النبات وعلم وظائف الأعضاء وعلم الوراثة ؛ Rabinowitch، HD، Brewster، JL، Eds .؛ مطبعة CRC: بوكا راتون ، فلوريدا ، الولايات المتحدة الأمريكية ، 1990 ؛ ص 1-26.
- 18. رابينوفيتش ، HD ؛ كورا ، ل. Allium Crop Science: التطورات الحديثة ؛ دار نشر CABI: Wallingford ، المملكة المتحدة ، 2002.
- 19. مالور ، سي. كارافيدو ، م. Estopanan ، G. ؛ مالور ، واو. توصيف الموارد الوراثية للبصل (أليوم سيبا L.) من المركز الثانوي الاسباني للتنوع. يولد. J. أجريك. الدقة. 2011, 9، 144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli، F .؛ D'Antuono، LF تقييم الفينولات وسيستين سلفوكسيدات في البصل المحلي والأصول الوراثية الكراث من إيطاليا وأوكرانيا. جينيه. ريسور. تطور المحاصيل. 2016, 63، 601-614. [CrossRef]
- 21- بتروبولوس ، سا ؛ فرنانديز ، أ. باروس ، إل. فيريرا ، ICFR ؛ Ntatsi ، G. الوصف المورفولوجي والتغذوي والكيميائي لـ "vatikiotiko" ، سلالة محلية للبصل من اليونان. الغذاء تشيم. 2015,182، 156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori، L .؛ Adiletta ، G. ؛ نازارو ، ف. فراتياني ، ف. دي ماتيو ، م. ألبانيز ، د. الكيمياء الحيوية ، الخصائص المضادة للأكسدة والنشاط المضاد للميكروبات لأنواع مختلفة من البصل في منطقة البحر الأبيض المتوسط. J. الغذاء القياس. الشخصيات. 2019,13، 1232-1241. [CrossRef]
- 23. يو ، كانساس ؛ بايك ، إل. كروسبي ، ك. جونز ، ر. ليسكوفار ، د.اختلافات في حدة البصل بسبب الأصناف وبيئة النمو وأحجام البصيلات. علوم. هورتيك. 2006,110، 144-149. [CrossRef]
- 24. Beesk، N.؛ بيرنر ، هـ. شوارتز ، د. جورج ، إي. كروه ، LW ؛ Rohn، S. توزيع كيرسيتين -3 ، 4′-O-diglucoside ، كيرسيتين-4′-O-monoglucoside ، وكيرسيتين في أجزاء مختلفة من بصلة البصل (Allium cepa L.) متأثرًا بالنمط الجيني. الغذاء تشيم. 2010,122، 566-571. [CrossRef]
- 25. كاروسو ج. كونتي ، إس. فيلاري ، ج. بوريلي ، سي. ملكيونا ، ج. مينوتولو ، م. روسو ، ج. أمالفيتانو ، ج.آثار وقت الزرع وكثافة النبات على المحصول والجودة ومحتوى البصل من مضادات الأكسدة (أليوم سيبا L.) في جنوب إيطاليا. علوم. هورتيك. 2014,166، 111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio، MR؛ ريجويرو ، ياء ؛ Simal-Gandara ، J. ؛ رودريغز ، أ. Almeida، DPF زيادة القيمة المضافة للبصل كمصدر لمضادات الأكسدة الفلافونويد: مراجعة نقدية. الحرجة. القس الغذاء. نوتر. 2014, 541050-1062. [CrossRef] [مجلات]
- 27. Pohnl، T .؛ شفايجرت ، RM ؛ Carle، R. تأثير طريقة الزراعة واختيار الصنف على الكربوهيدرات القابلة للذوبان والمبادئ اللاذعة في البصل (أليوم سيبا ل.). J. أجريك. الغذاء تشيم. 2018, 66، 12827-12835. [CrossRef] [مجلات]
- 28. تيديسكو ، أنا ؛ كاربوني ، ف. سبانيولو ، سي ؛ ميناسي ، ص. روسو ، GL تحديد وتقدير كمية مركبات الفلافونويد من صنفين من جنوب إيطاليا أليوم سيبا L. ، Tropea (البصل الأحمر) و Montoro (البصل النحاسي) ، وقدرتها على حماية كريات الدم الحمراء البشرية من الإجهاد التأكسدي. J. أجريك. الغذاء تشيم. 2015, 63، 5229-5238. [CrossRef]
- 29. فيلانو ، سي. إسبوزيتو ، إس. كاروتشي ، ف. Frusciante، L.؛ كاربوتو ، د. أفرسانو ، ر. التنميط الجيني عالي الإنتاجية في البصل يكشف عن بنية التنوع الجيني وتعدد الأشكال المفيدة للتكاثر الجزيئي. مول. تربية. 2019, 39، 5. [CrossRef]
- 30- ميركاتي ، ف. لونغو ، سي ؛ بوما ، د. أرانيتي ، ف. لوبيني ، أ. مامانو ، مم ؛ Fiore ، MC ؛ أبينافولي ، السيد ؛ Sunseri، F التباين الجيني لطماطم إيطالية طويلة العمر (Solanum lycopersicum L.) باستخدام SSR وصفات الفاكهة المورفولوجية. جينيه. ريسور. تطور المحاصيل. 2014, 62، 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez، S. مالور ، سي ؛ جارسيس كلافير ، أ. ميرينو ، ف. تابوادة ، أ. ريفيرا ، أ. بومار ، ف. بيروفيتش ، د. Silvar ، C. استكشاف التنوع الوراثي وخصائص الجودة في مجموعة من البصل (أليوم سيبا L.) سلالات من شمال غرب إسبانيا. علم الوراثة 2015, 47، 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti، C.؛ يوفينو ، ص. Centomani ، أنا. ماركوتريجيانو ، أركنساس ؛ فانيلي ، ف. ميميولا ، ج. سومو ، سي ؛ بافان ، س. Ricciardi، L. التوصيف الوراثي والزراعي الحيوي والتغذوي للكرنب (براسيكا oleracea L. فار. الرأس) التنوع في بوليا ، جنوب إيطاليا. تنوع 2018,10، 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro، N.؛ ماركوتريجيانو ، أركنساس ؛ براكوتو ، ف. Mazzeo ، R. ؛ ريكياردي ، ف. لوتي ، سي. بافان ، س. Ricciardi ، L. التحليل الجيني للمقاومة أوروبيانش كريناتا (فورسك) في حبة البازلاء (بيسوم ساتيفوم L.) خط منخفض ستريجولاكتون. J. بلانت باثول. 2016, 98 671-675.
- 34. Wako، T .؛ تسوكازاكي ، هـ. ياغوتشي ، إس. ياماشيتا ، ك. إيتو ، إس. Shigyo ، M. رسم خرائط لمواقع الصفات الكمية للانغلاق في الوقت في تجميع البصل (أليوم ناسور ل.). euphytica 2016, 209، 537-546. [CrossRef]
- 35- دكا ، شمال ؛ موخوبادهياي ، أ. باريتوش ، ك. جوبتا ، ف. بينتال ، د. Pradhan ، AK تحديد SSRs الجينية وإنشاء خريطة ربط قائمة على SSR في براسيكا جونسيا. Euphytica 2017, 213، 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan، S. ذرة ، ريال ؛ جوبال ، ج. تقييم هوية أصناف البصل باستخدام علامات SSR. علوم البذور. تكنول. 2014, 42، 279-285. [CrossRef]
- 37. ميتروفا ، ك. ؛ سفوبودا ، ص. Ovesna، J. اختيار والتحقق من صحة مجموعة علامة للتمييز بين أصناف البصل من جمهورية التشيك. التشيكية J. جينيه. سلالة النبات. 2015, 51، 62-67. [CrossRef]
- 38. دي رينزو ، ف. ميازي ، مم ؛ فانيلي ، ف. سابيتا ، دبليو. Montemurro، C. حفظ وتوصيف التنوع البيولوجي للبلازما الجرثومية لزيتون بوليا. اكتا هورتيك. 2018,11991-6. [CrossRef]
- 39. مالور ، سي. Arnedo-Andres، A .؛ Garces-Claver ، A. تقييم التنوع الجيني للإسبانية أليوم سيبا سلالات لتربية البصل باستخدام علامات الأقمار الصناعية الدقيقة. علوم. هورتيك. 2014,170، 24-31. [CrossRef]
- 40. ريفيرا أ. مالور ، سي ؛ جارسيس كلافير ، أ. جارسيا أولوا ، أ. بومار ، ف. Silvar، C. تقييم التنوع الجيني في البصل (أليوم سيبا L.) الأصلية من شمال غرب إسبانيا ومقارنتها مع التباين الأوروبي. NZJ Crop Hortic. 2016, 44، 103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni، C.؛ بافان ، س. تارانتو ، ف. دي رينزو ، ف. ميازي ، مم ؛ ماركوتريجيانو ، أركنساس ؛ مانجيني ، جي ؛ مونتيمورو ، سي ؛ ريكياردي ، إل. Lotti، C. التباين الجيني لمجموعة عالمية من الأصول الوراثية للحمص (سيسر أريتينوم L.) بما في ذلك المدخلات الإيطالية المعرضة لخطر التآكل الوراثي. فيسيول. مول. بيول. النباتات 2017, 23، 197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo، R.؛ مورجيس ، أ. Sonnante ، G. ؛ Zuluaga ، DL ؛ بافان ، س. ريكياردي ، إل. Lotti، C. التنوع الجيني في البروكلي ربيع (براسيكا رابا L.subsp. سيلفستريس (L.) Janch.) من جنوب إيطاليا. علوم. هورتيك. 2019, 253، 140-146. [CrossRef]
- 43- Jakse، M.؛ مارتن ، دبليو. مكالوم ، ياء ؛ Havey ، M. تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ، indels ، وتكرار التسلسل البسيط لتحديد صنف البصل. جيه. شركة هورتيك. علوم. 2005,130، 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum، J.؛ طومسون ، إس. بيثر جويس ، م. Kenel ، F. تحليل التنوع الوراثي وتطوير علامة تعدد الأشكال أحادية النوكليوتيدات في البصل المزروع بناءً على علامات تكرار تسلسل بسيط للعلامة المتسلسلة المعبر عنها. جيه. شركة هورتيك. علوم. 2008,133، 810-818. [CrossRef]
- 45. بالدوين ، س. بيثر جويس ، م. رايت ، ك. تشين ، إل. McCallum ، J. تطوير علامات تكرار تسلسل الجينوم البسيط القوية لتقدير التنوع الجيني داخل وبين البصل البصلي (أليوم سيبا L.) السكان. مول. تربية. 2012, 30، 1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody، JA؛ هونيكوت ، RL ؛ Skow، LC علامات الأقمار الصناعية الصغيرة في غزال أبيض الذيل. جي هيرد. 1995, 86 317-319. [CrossRef] [مجلات]
- 47. Khodadadi، M.؛ الحسنبانة ، د البصل الايراني (أليوم سيبا L.) استجابات الأصناف لاكتئاب الأقارب. تطبيق العالم. علوم. ج. 2010,11، 426-428.
- 48. عبده ر. باكاسو ، واي. سعدو ، م. بودوين ، جي بي ؛ هاردي ، OJ التنوع الجيني للبصل النيجر (أليوم سيبا L.) تم تقييمها بواسطة علامات تكرار التسلسل البسيط (SSR). اكتا هورتيك. 2016,1143 77-90. [CrossRef]
- 49- بافان ، س. لوتي ، سي. ماركوتريجيانو ، أركنساس ؛ Mazzeo ، R. ؛ باردارو ، ن. براكوتو ، ف. ريكياردي ، ف. تارانتو ، ف. D'Agostino ، N. ؛ شيافولي ، أ. وآخرون. مجموعة وراثية مميزة في الحمص المزروع كما يتضح من اكتشاف الواسمات على مستوى الجينوم والتنميط الجيني. جينوم النبات 2017, 201710 [CrossRef]
- 50. Pavan، S. ماركوتريجيانو ، أركنساس ؛ سياني ، إي. Mazzeo ، R. ؛ زونو ، ف. روجيري ، ف. لوتي ، سي. Ricciardi ، L. التنميط الجيني عن طريق تسلسل البطيخ (كوكوميس ميلو L.) جمع الأصول الوراثية من مركز ثانوي للتنوع يسلط الضوء على أنماط التباين الجيني والسمات الجينية لمجموعات الجينات المختلفة. جينوم BMC. 2017, 18، 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo، V .؛ سيون ، إس. تارانتو ، ف. D'Agostino ، N. ؛ مونتيمورو ، سي ؛ فانيلي ، ف. سابيتا ، دبليو. بوشفة ، س. تامندجاري ، أ. باسكوالون ، أ. وآخرون. التدفق الجيني بين سكان الزيتون داخل حوض البحر الأبيض المتوسط. الند ج. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. الراعي، LD؛ McLay ، TG بروتوكولين صغيري النطاق لعزل الحمض النووي من الأنسجة النباتية الغنية بالسكريات. J. مصنع الدقة. 2011,124، 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle، JJ؛ دويل ، جيه إل عزل الحمض النووي للنبات من الأنسجة الطازجة. تركز 1990,12، 13-14.
- 54. Kuhl، JC؛ تشيونغ ، ف. كياوبينج ، واي. مارتن ، دبليو. Zewdie ، Y. ؛ مكالوم ، ياء ؛ كاتاناش ، أ. رذرفورد ، ب. بالوعة ، KC ؛ جينديريك ، م. وآخرون. تكشف مجموعة فريدة من 11,008 من علامات التسلسل المعبر عنها بالبصل عن التسلسل المعبر والاختلافات الجينية بين أوامر monocot asparagales و poales. الخلية النباتية 2004,16، 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim، HJ؛ لي ، HR ؛ هيون ، جي واي Song ، KH ؛ كيم ، KH ؛ كيم ، جي. Hur ، CG ؛ Harn، CH تطوير Marker لاختبار النقاء الجيني للبصل باستخدام SSR Finder. تولد الكورية J. علوم. 2012, 44، 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke، M. طريقة اقتصادية لوضع العلامات الفلورية لشظايا PCR. نات. البيوتكنول. 2000, 18، 233-234. [CrossRef] [مجلات]
- 57. بيكال ، ر. Smouse ، PE GenAlEx 6.5: التحليل الجيني في Excel. البرمجيات الجينية السكانية للتعليم والبحث: تحديث. المعلوماتية الحيوية 2012, 28، 2537-2539. [CrossRef] [مجلات]
- 58. Kalinowski، ST؛ تفتق ، مل ؛ مارشال ، TC مراجعة كيفية استيعاب برنامج الكمبيوتر CERVUS لخطأ التنميط الجيني يزيد من النجاح في مهمة الأبوة. مول. ايكول. 2007,16، 1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard، JK؛ ستيفنس ، م. روزنبرغ ، NA ؛ Donnelly ، P. تعيين الخرائط في المجموعات السكانية المهيكلة. أكون. جيه هوم. جينيه. 2000, 67 170-181. [CrossRef]
- 60. Evanno، G.؛ ريجناوت ، إس. Goudet، J. الكشف عن عدد مجموعات الأفراد باستخدام هيكل البرنامج: دراسة محاكاة. مول. ايكول. 2005,14، 2611-2620. [CrossRef]
- 61- إيرل د. VonHoldt، B. STRUCTURE HARVESTER: موقع ويب وبرنامج لتصور مخرجات الهيكل وتنفيذ طريقة Evanno. كونسيرف. جينيه. ريسور. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki، N .؛ ني ، م. Tamura، K. POPTREEW: نسخة الويب من POPTREE لبناء الأشجار السكانية من بيانات تردد الأليل وحساب بعض الكميات الأخرى. مول. بيول. Evol. 2014, 31 1622-1624. [CrossRef]
- 63. كومار ، س. Stecher ، G. ؛ لي ، م. كنياز ، سي. Tamura ، K. MEGA X. تحليل الجينات التطورية الجزيئية عبر منصات الحوسبة. مول. بيول. Evol. 2018, 35، 1547-1549. [CrossRef]